Киньте мысль коллеги, куда копать.
Наш сервер (Debian) работает на связке nginx+uswgi+PostgreSQL. Есть таблетка django-crontab которая запускает скрипт который запрашивает, обрабатывает и создает новые записи. Последние ~500 записей из ~6500 он не создал хотя их он получил (проверено отладкой). Время создания 6000 записей 1 минута 8,5 секунд.
Вопрос: в сторону чего нужно смотреть, где может резать выполнение задачи крона. На тестовом (Windows 10) все записи создаются без проблем, на нем еще и не такие объемы ворочал. Использует Cron nginx или uswgi при выполнении или нет?