Ответ дан в документации и разжёван на StackOverflow, но всегда лучше объяснить по-простому.

Проблема в том, что SQLite и PostgreSQL поддерживают транзакции для DDL операций и поэтому не могут производить изменения схемы и данных в одной транзакции. Хорошим примером такой проблемы является попытка выполнить в одной миграции заполнение поля модели (операция изменения данных) и отключение null=True (операция изменения схемы).