джанго ориентирован на работу с одной базой данных
Разве? В settings.py указываете в DATABASES столько профилей, сколько нужно, DATABASE_ROUTERS с описанием правил, какие модели в какой БД хранить, и всё, работает с нужным количеством БД.
… проект, который в теории может иметь миллионы …
Вам знакомо понятие «преждевременная оптимизация»? У вас точно не этот случай?
Есть ли смысл создавать 3 разных базы данных … ?
У вас сервер уже не справляется с нагрузкой? Если пока не ложится под тяжестью, то смысла нет. А вот когда проект уже будет работать, тогда надо смотреть на нагрузку и думать. И тогда наверняка найдутся более удачные места для оптимизации.
