Обязательно читайте инструкции хостера!
Для разворачивания проектов есть множество способов.
Я люблю разворачивать проекты автоматически. Сначала тестирую всё на виртуальных машинах, настраиваю систему сборки проекта и потом многократно использую. У меня используется Ant, но эта штука непростая. Поэтому я постепенно перехожу на использование Fabric, стараясь максимально автоматизировать все действия.