Есть, например у меня внутри одной из app лежит сценарий для fabric - вот там глобальная диаграмма строится. По всей видимости диаграмма для app строится в файлах, точно относящихся к app, т.е. models.py, views.py и т.п., а в остальных уже можно и глобальную получить.
