Т.е. простейшая стандартнейшая задача на django не решается без чтения здоровенной и мутной документации по, вообще говоря, стороннему приложению?
Ну вы вообще только озвучили эту задачу, до этого путем неправильных команд получили ошибку и спросили что делать, вот и дали вам дельный совет как ее не получить. Если это здоровенная докуметации, то какая не здоровенная? И не совсем это сторонее преложение, альтернативы нет и в 1.6 собираются добавить в Django.
проблема в том и заключается, что надо модифицировать базу, которая хз когда и кем создавалась и набита данными.
Теперь по проблеме. Создаете первую миграцию через --initial. Потом через migrate [app_name] 0001 --fake помечаете ее как выполненную, т.к. фактически уже все есть, что она должна была сделать - таблицы создали через syncdb. Теперь можно работать стандартным путем: поменяли модели, создали миграцию и применяем ее черещ migrate.