Так а как IDE это все решает? Уже было пару тем на форуме, когда IDE что-то там делало, а человек нихрена не понимал и так же сидел ковырялся, IDE какие-то опции добавило в команду, все сделало, а вы и не знаете что там какие-то особенности были. Ну и эти все проблемы из-за винды, если вы программировали под виндой, то все должно быть норм. Про bat все знают, PIL можно и кнопочкой ставить, если найти скомпиленый инсталятор. Есть вероятность, что пока вы разберетесь с IDE, все уже достанет и забьете. Я помню в блокноте без фреймверка PHP учил, и интересно было, думаю хрен бы выдержал ковырять пару дней IDE.
Ну если все настроили, то норм, главное учитывайте что там IDE запускает, все параметры команд.