Ну приведете Вы всех пользователей в БД в нижний регистр.
1. Вы потеряете написание логинов. Например, мой бы тогда стал выглядеть как evgiq. Конечно, для работы это не существенно. Но тем не менее.
2. Пользователи, наверняка, будут добавляться. То есть, каждый раз, Вы должны будете исправлять БД (вручную или миграцией, неважно)
Вам надо разобраться почему происходит некорректная запись пользователя, и поправить это в коде (а потом обязательно написать сюда в чем там было дело :) )
...регистронезависимый логин, можно сделать переписав стандартный бэкенд, например, как здесь: http://gorbach.me/2012/django_case_insensitive_login/
