Вопрос возник в связи с тем что ни одна из этих библиотек не подходят. А может я их не правильно готовлю. :)

Есть необходимость реализовать клиентскую часть гибридного алгоритма шифрования в котором используется паддинг PKCS1, библиотека PyCrypto реализует этот алгоритм не так как он реализован на целевом сервере (там, видимо, OpenSSL стоит, исходя из ошибки) и зашифрованное сообщение сервер не может расшифровать, говорит:

RSA_decrypt error: RSA_verify <error:04065072:rsa routines:RSA_EAY_PRIVATE_DECRYPT:padding check failed>

Нашёл в инете что есть у этого модуля такая беда и вроде как можно использовать Python-RSA, он этой болячкой не страдает. Зато не хочет читать публичный ключ сервера.

Та же беда и с M2Crypto.